買取業者によって査定金額に差が出るのか？
「出ます」。
はい、思いっきり出ます。

売る方は高額査定を望みますが、出張査定に来る査定員の仕事は「少しでも安く買い取りする事です」
ですので、バイクを売る側があまり詳しいと困るし面白くないのです。
買取業者が使う査定相場は、業者間オークションの相場データと実際に店頭に並んでいる市場価格、これまでの買取実績も考慮されてMIXされています。

中古車査定は実際に現場でチェックする査定士によっても「見落とし、細かく見過ぎ」で査定表の中身が変わり、査定額が変わります。
初めてバイクを売る人、自分は初心者だと思う人は、一括査定サイトで査定価格、見積もりを比較するのが安全、安心です。
買取業者は、事故車、不動車、古い原付、カブ等も全国無料出張査定しています。
 
良く有るのが、「1台査定して欲しい」という依頼が入って到着すると、実はバイクを3台持っていて、事情により売ろうと思っている、ついでに3台とも査定をお願いされる、といった事です。
バイク好きは複数台数所有するのは珍しくないので、同時に複数のバイクの査定も普通に行っています。

あと、高価なパーツを付けたまま査定に出す人が多いですが、高価なパーツでも査定金額には反映し辛い可能性が高いです。
それは、使用期間や使用状況が分からないので、総じて「中古アフターパーツ取り付け」として査定されてしまいます。